Flokkun líffræðilegra smásjáa

1. Flokkaðu eftir staðsetningarstigi. Það má skipta í líffræðilegar smásjár á nemendastigi, tilraunastigi og rannsóknarstigi.
2. Flokkaðu eftir fjölda augnglera. Það er hægt að skipta því í einlaga, sjónauka og þrílaga líffræðilega smásjá.
3. Flokkaðu í samræmi við hlutfallslega stöðu augnglersins og farsímastöðvarinnar. Það má skipta í upprétta líffræðilega smásjá og öfuga líffræðilega smásjá. Markmið uppréttrar (hefðbundinnar) líffræðilegrar smásjár er staðsett fyrir ofan hreyfistigið, en markmiðið með öfugum líffræðilegri smásjá er staðsett fyrir neðan hreyfistigið.
4. Flokkaðu eftir myndgreiningarreglum. Það má skipta í sjónlíffræðilegar smásjár og rafeindalíffræðilegar smásjár.
Sjónsmásjáin samanstendur aðallega af augngleri, hlutefni, sviði og endurskinsmerki (safnara). Bæði augngler og hlutlinsur eru kúptar linsur með mismunandi brennivídd. Brennivídd kúptu linsu hlutlægsins er minni en kúptar linsu augnglersins. Objektlinsan jafngildir linsu skjávarpa, þar sem hlutur myndar öfuga og stækkaða raunverulega mynd. Augnglerið jafngildir venjulegu stækkunargleri og þessari raunverulegu mynd er síðan umbreytt í upprétta og stækkaða sýndarmynd í gegnum augnglerið. Hlutir sem ná til mannsauga í gegnum smásjá eru öfugstækkaðar sýndarmyndir.
Rafeindasmásjá byggir á meginreglunni um rafeindasjónfræði, þar sem rafeindageislar og linsur eru notaðar í stað ljósgeisla og ljóslinsur til að mynda fíngerða uppbyggingu efnis í mjög mikilli stækkun. Vegna þess að bylgjulengd rafeindageislans er mun minni en sýnilegs ljóss, jafnvel þó að keiluhorn rafeindageislans sé aðeins 1% af ljóssmásjá, er upplausn rafeindasmásjáarinnar samt miklu betri en ljóssmásjá. Hámarksstækkun ljóssmásjár er um 2000 sinnum, en nútíma rafeindasmásjár hafa hámarksstækkun yfir 3 milljón sinnum